跑漕运，首先需要解锁扬州府并修复城内的漕运码头，修复后便可点击码头前往大运河界面，开启漕运玩法。参与漕运的核心道具是司南，它类似于飞行棋的骰子，每天中午12点后首次进入漕运会免费获得一个，此外主要通过完成界面中的寻找司南任务来获取，也可以用补天石购买。进入漕运地图后，点击左下角的司南进行转动，每次消耗一个并获得随机的通航步数，这些步数决定了船只本次能够移动的距离以及可以访问的码头数量。

漕运地图上散布着许多码头，点击码头即可查看其信息与奖励，你不需要按照固定路线前进，完全可以根据自己需要的奖励来选择停靠哪个码头，只是距离过远的码头可能因步数不足而无法点击。码头上的事件主要有给予资源、完成工作和转运物资几种类型。完成事件后获得的奖励非常关键，包括玉石、粟米、油墨和压舱石等生产原料，用于扬州城内的工坊生产；粗麻绳、大铁钉等码头材料，用于升级漕运码头以减少事件耗时；以及最重要的连票，它是解锁后续航段水闸的唯一凭证。

漕运路线大致可分为需要原路返回的往返路线和形成闭环的循环路线，循环路线在时间安排上更为灵活。前期所有资源都很重要，因此每一步通航步数都应精打细算。每个码头在完成任务后会有约四个小时的冷却时间，规划路线时可以计算好时间，让船只走完一圈后能回到刷新好的码头再次完成任务。航行途中可能会随机遇到触礁事件，导致船只停留一小时。

通过漕运赚取铜钱是主要目的之一，尤其在解锁后期航段后，扬州府可能成为收入最高的城市。需要积累连票来解锁更北方的航段，依次为扬州至淮安、淮安至徐州、徐州至临清、临清至德州、德州至天津卫，开启这些航段所需的连票数量依次增加。不同航段的收益侧重不同，例如第四段航段被认为是获取连票的黄金区域，而第五段航段则提供最高的铜钱收益。码头提供的奖励和任务每四个小时会刷新一次。在进行漕运时尽量避开需要转运物资的任务以节省时间，除非是为了完成特定的主线或支线任务。拥有特定特殊居民如麦小满，并搭配对应的珍宝，可以大幅减少完成码头任务所需的时间。